日本と海外の間でモノや金銭をやり取りする際には、税関に対して「何を、どのくらい」輸出入するかを申告し、許可を得る必要があります。
輸入では関税・消費税等も納付しなければなりません。
その許可を得るための一連の手続きが通関業務です。

輸出入申告の内容(金額・数量・品目・原産地など)が正しいかどうか、
輸出入が法令や条約で禁止されている物でないかどうかを確認するために税関による検査が行われます。
Ｘ線装置による検査と、貨物を直接手に取って現物を確認する検査、あるいはその両方が行われる場合があります。

関税関係法令以外の法令で、輸出入申告に先立って事前に所管官庁の許可や承認を必要とすることを定めた法令です。
例えば「食品衛生法」や「薬機法」、「植物防疫法」「家畜伝染病予防法」などがあります。